日本では、輸出・輸入どちらの場合でも、税関に通過許可を取るための申告書を提出して審査を受けます。この通関手続きには法律や関税率に関する知識が必要になり、一般的に、専門の通関業者が荷主に代わって行います。

　通関士は、通関業者に所属し、航空貨物、海運貨物、輸出入品など貨物の申告書を審査します。

　通関士は、審査の基準となる実行関税率表をチェックし、荷主からサンプルを取り寄せ、申告書が適正かを審査します。

　情報やサンプルが不十分な際には、保税地域に保管されている貨物の内容を点検します。

　通関業者と税関の間はコンピュータで結ばれており、手続きが迅速に処理されます。申告の際には記名捺印の代わりに、専用のカードで通関士登録番号を入力し、この書類を責任を持って審査したことを示します。

　申告内容に間違いがある場合、税関が行政処分を行うことがあり、処分に不服がある際は荷主に代わって、通関士が不服申立ての手続きや内容の説明をします。また、税関検査に立会います。